接受结肠镜的诊治虽已不像过去人们想象的那样痛苦，但此过程中的与操作医生的积极配合会对减轻不适和缩短操作时间有益。

结肠镜诊治过程中的配合注意事项：

首先，不要把手机等电子设备带入操作间，以免干扰机器正常运行，准备接受镜下治疗的要去掉与身体接触的金属物件如手表、眼镜等。进入操作间后，护士有时会在开始前为患者注射安定，阿托品以减轻结肠镜带来的紧张和不适。

操作前要按照医生的要求换好专用裤子(只露出肛门附近的操作区)，摆好体位(通常是左侧屈膝卧位)。操作时医生将抹有润滑油的结肠镜慢慢由肛门插入，期间可能会因为向肠腔内注气而感到腹胀、有便意，也可能因为肠管走行弯曲或有粘连而感觉疼痛，这时还可能有助手帮助按压或推扶你的腹部，有时还会让患者翻身改变体位，这些情况下一定要按医生的要求配合以便放松自己，同时要跟医生说明自己的感受，不要因喊叫浪费体力、影响医生操作而延长诊治的时间。

一般情况下整个检查过程会在20～30分钟间完成，治疗的时间会因难易程度的不同而相应地延长些。对于有心肺等重要脏器疾病的患者，在接受结肠镜诊治过程中还需要有心肺功能的监测。

在检查过程中，如果发现有镜下不能确诊的病变存在，医生会用活检钳钳取少量病变组织(这个操作称为活检)，放到装有药水的标本瓶里固定后送到病理科，以便进一步在显微镜下做病理组织学诊断。

由于大肠上没有能精确定位的痛觉神经存在，在活检时患者不会有疼痛的感觉。因大肠黏膜像皮肤一样在不断更新，活检也不会给患者带来伤害。

但有时因病变部位血管丰富或患者正在服用抗凝血药物，可能会引起出血，一般为小量渗血，大肠自身能够止住，如果出血量大，可以在镜下进行止血治疗，很少有因为出血而需要手术止血的情况发生。