慢性化脓性中耳炎的诊断中应与以下疾病进行鉴别：

中耳癌

患者大多在40岁以上，常有长时间耳流脓病史，且流出为血性黏脓，往往伴有耳鸣、听力减退和耳痛。当面神经受累时，患者可有同侧舌前1/3味觉丧失和同侧外周性面瘫症状，还有人出现头痛或眩晕。晚期患者可出现颈淋巴结肿大。肿瘤向周围侵犯可影响腮腺区、外展神经、滑车神经、迷走神经、颞颌关节、舌下神经或副神经，并产生相应的症状。耳镜检查可发现外耳道或鼓室内有息肉和肉芽样新生物，碰触后易出血。经病理活检可确诊中耳癌。

结核性中耳炎

患者起病较隐匿，多继发于肺部或身体其他部位的结核灶。当鼓膜未受浸润时，可出现鼓膜增厚；鼓膜破坏时，可出现鼓膜穿孔，且逐渐扩大或呈演变为多发性穿孔。鼓室内分泌物呈浆液状，可有灰白色肉芽。患者听力减退比化脓性中耳炎更明显，发展更快。通过中耳分泌物涂片或培养可发现结核杆菌或肉芽组织，检查有典型的结核性病理改变时可以确诊。

梅毒性中耳炎

早期症状与分泌性中耳炎相似，患者继发感染时可感到轻度耳痛或出现鼓膜穿孔，还可有持续性耳漏和臭味，伴有耳聋、耳鸣症状。化验血清反应为阳性，当分泌物涂片内发现梅毒螺旋体或通过活组织检查可以确诊。