肾结石自然疗法有口服药物或者保守治疗排除结石。对于小的结石，五到六毫米以下的结石，或者经皮肾镜或者输尿管软镜手术后残留的结石，可以通过多运动、多饮水促进结石排出。
对于特殊部位的小结石，如肾下盏的结石，需要经常的变换体位，如头低脚高位，并用双手扣击肾区，促进结石的排出。也可以通过体外物理排石机的方法排石，让患者躺在机器上，通过机器的运动、震动促进结石的排出。
针对不同成分的结石，也应该用相关的药物来减少结石的形成，促进结石排出，草酸钙结石、混合性的草酸钙、磷酸钙结石，患者应用噻嗪类利尿剂，可以减少尿钙的排泄，减少钙结石的复发，稀盐酸盐可以有效增加尿中枸橼酸的浓度，提高尿液PH值，减少钙结石的复发。
对于远端肾小管酸中毒和海绵肾的患者，可以服用聚氨酸氢钾，有效的增加尿聚氨酸的排泄，提高尿PH值，减少结石的复发。尿酸结石的患者一线治疗方案是碱化尿液，使PH值达到六点五，别嘌呤醇可以适用于高尿酸血症或者高尿酸尿症的患者，胱氨酸结石的患者提出了治疗方案，也是碱化尿液，使PH值达到七到七点五，硫醇类药物可以作为二线治疗方案。对于感染性结石、鸟粪石，继发于产脲酶病原菌导致尿路感染，需要用抗生素治疗。