卵巢巧克力囊肿需要定期做B超检查，药物治疗或手术治疗等。
一、如果卵巢巧克力囊肿很小，比如两个厘米或者三个厘米，这种卵巢的巧克力囊肿不需要特殊的处理，只需要定期随访B超和肿瘤标志物C125就可以，每三个月或者3到6个月做一次B超，经阴道的超声，同时抽血查一下C125，看看C125有没有特别的升高，因为特别的升高就怀疑巧克力囊肿是否有恶变，那个时候需要重视；如果要是说C125也很平稳、轻度升高，同时B超提示卵巢巧克力囊肿也就是两三个厘米，也没有过度的增大定期复查就可以。
二、如果卵巢巧克力囊肿比较大，比如超过五个厘米的卵巢巧克力囊肿，这种情况就建议手术，卵巢巧克力囊肿痛经比较明显，就是囊肿导致输卵管性的不怀孕，这些卵巢巧克力囊肿都需要进行处理。
卵巢巧克力囊肿的处理主要就是手术治疗，而手术治疗主要就选择腹腔镜下的卵巢巧克力囊肿的剔除术。要做好密切随访。还有一些治疗方式，比如说可以打GnRH-a这种药物治疗，保守性治疗还是比较少的。