肛瘘的形成一般是由于肛门周围发生炎症。在人体直肠与肛门的交界地方有一圈腺体，被称为肛门腺或肛腺，会分泌一些粘液起到润滑大便的作用，帮助人体进行排便。因为肛腺的开口位于肛窦，并且肛窦开口是向上的，非常容易被大便污染或者堵塞。如果肛腺在这时被堵塞，肛门的分泌物就无法排出体外，在身体里面就会引发炎症和化脓，而演变为肛周脓肿。因肛周脓肿是炎症演变而来，所以会破坏机体内的肛门周围的组织，皮肤表面就会形成溃疡，溃疡里有炎性因子，就会将浓液排出来，这样就形成了肛裂。

检查患者是否患有肛瘘，可以通过肉眼观察和临床诊断确诊，主要有以下的几种方法：1、通过肉眼可以观察到肛瘘的外口，通过触诊可触及红色乳头状突起，用止血钳压迫时，可出现少量的浓液或血性分泌物的排出。2、通过肛门镜检查，可以看到内口出现红肿发炎的肛瘘，并且有分泌物。从肛周可以看到肛瘘的外口，有时可触摸到肛瘘的瘘管。3、可以通过探针检查：先将手指插入肛门内，用银制的圆头探针，由外口沿管道向肠腔方向轻轻探入，这时可触及刚露的瘘口。4、做染色的检查，取出干纱布放入直肠内，然后将美兰1到2毫升沿外口慢慢注入。随后将纱布拉出，如果纱布有染色，就证明瘘口的存在。

低位肛瘘和高位肛瘘，是根据肛瘘的内口与肛提肌的位置。如果肛瘘的内口开口于肛提肌下方。通常称为低位肛瘘，如果内口位于肛提肌上方称为高位肛瘘。肛瘘与肛周脓肿是通俗的说法，在临床上都属于直肠肛管周围间隙感染一大类疾病，肛周脓肿是直肠肛管周围间隙感染急性期，主要表现为肛门周围局部红肿热痛，严重时出现毒血症状，可以表现为畏寒发热等全身症状。肛瘘是坐骨直肠肛管周围感染慢性期。通常有内口与外口以及窦道，表现为坐骨直肠肛管周围感染迁延不愈。肛门周围皮炎可以出现红肿热痛引起破溃后，脓液流出，症状可以缓解，迁延不愈。

肛瘘与肛周脓肿在临床上，是直肠肛管非常常见的良性疾病，如果按照疾病的发生来说，肛周脓肿与肛瘘其实属于同一种疾病的不同分期。也就是说两者都属于坐骨直肠肛管周围间隙感染疾病。肛周脓肿主要是急性期，肛瘘则是感染的慢性期。肛瘘按照解剖学上来说，分为内口，外口以及窦道。所以其常见的临床症状，因为属于感染性疾病，通常表现为肛周部皮缘出现红肿热痛包块。破溃以后流脓。可以局部自行获得缓解，但是，每隔1~3个月左右，可以再次发作，也就表现为，肛周皮缘红肿热痛感染症状，迁延不愈。对于肛瘘多数患者属于高位肛瘘。通常需要行肛瘘挂线治疗，才能获得治愈，因为高位肛瘘经过肛提肌，如果一次性的切断，容易引起肛门失禁。

因为肛瘘与肛周脓肿其实属于同一种疾病的不同分期。也就是坐骨直肠肛管周围间隙继发细菌感染以后，在急性期形成肛周脓肿。当脓肿破溃、迁延不愈，则形成肛瘘，肛瘘包括内口外口以及窦道。对于早期肛瘘的治疗，在临床上对于肛瘘唯有手术治疗才能获得治愈。如果是低位肛瘘，也就是肛瘘的内口开口于肛提肌下方，可以采用一次性的将肛瘘完整切除，创面敞开。可以获得治愈。而对于高位肛瘘，或者说复杂性肛瘘，也就是肛瘘的内口开口位于肛提肌上方通常不能一次手术，将窦道完全切开，否则会损伤到。肛管直肠环，从而引起术后的肛门失禁。对于高位肛瘘，即使是早期。也需要采用肛瘘挂线治疗。