卵巢巧克力囊肿是有癌变可能的。卵巢巧克力囊肿是具有生长功能的子宫内膜、腺体和间质长到了子宫卵巢上所以形成的，对于卵巢巧克力囊肿他的恶变可能性是比较低的但也是存在的。临床上有一些情况需要警惕卵巢巧克力囊肿恶变的可能，首先卵巢巧克力囊肿直径比较大大于十厘米，那么考虑有恶变的可能。其次卵巢巧克力囊肿的患者抽血检查，血清c125的水平大约二百单位每毫升，这时也是有癌变可能的。如果长期存在的卵巢巧克力囊肿，影像学提示有恶变的可能性，这种情况下建议应该尽早的尽快的进行手术治疗以防止恶变。

卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种特殊类型，它是具有生长功能的子宫内膜腺体或者间质侵入卵巢所引起的卵巢巧克力囊肿，这种疾病会容易引起盆腔粘连，必要时需要进行手术来松解盆腔粘连的目的，从而达到治疗疾病的目的。而女性的大多数的盆腔粘连是因为炎症感染所引起的，所以在治疗期间可以联合的使用抗生素来进行消炎治疗，直到病情完全恢复。对于卵巢巧克力囊肿的患者，不建议吃辛辣、寒凉刺激性的食物，否则会对疾病产生影响，而对于巧克力囊肿大于五厘米的，则需要进行手术切除。在手术切除这段时间，饮食方面也需要多加注意。

卵巢巧克力囊肿又称为卵巢子宫内膜异位囊肿，主要症状是下腹痛、痛经、不孕及性交不适。不孕率高达40%。所以说怀孕几率大概是60%。引起不孕的原因复杂，如盆腔微环境改变影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加而破坏子宫内膜正常代谢及生理功能、卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。此外，未破裂卵泡黄素化综合征在内异症患者中具有较高的发病率。中、重度粘连者可因卵巢、输卵管周围粘连而影响受精卵运输。如果巧克力囊肿直径大于4cm建议手术治疗。腹腔镜手术是首先的治疗方式。年轻、轻中度者，术后可期待自然妊娠6个月，对于年龄大于35岁，不孕年限超高3年，尤其是原发性不孕者，重度内异症、盆腔粘连、病灶切除不彻底者，输卵管不通者，应积极辅助生殖技术助孕。

巧克力囊肿手术后怀孕是预防复发的最好治疗方法。对于巧克力囊肿，怀孕是预防复发的最好治疗方法，整个孕期，在大量孕激素长期作用下，异位的子宫内膜会萎缩消失，假孕疗法是治疗子宫内膜异位症很重要的一种方法，就是模拟妊娠状态来实现疗效的，所以，巧克力囊肿术后不久就怀孕，是预防复发的最好、最有效方法，对于那些病情比较严重的患者，医生会建议术后立即开始用GnRH-a，每28天1次，连续用药4至6个月。用药期间体内激素水平类似切除双侧卵巢后状态，无月经来潮，不排卵，称为假绝经疗法，异位子宫内膜失去雌激素的维持，发生萎缩、凋亡，逐渐消失，达到预防复发的作用，停药后很快会恢复排卵和月经周期，就可以怀孕，不影响卵巢功能，尤其对于有生育要求的患者，更为合适，这种方法副作用较大，主要是骨质疏松和更年期综合征表现，但对于预防复发和生育价值很大，其副作用可以通过补充最小量的雌激素，使体内的雌激素水平不至于导致严重的骨矿物质丢失来避免。对于无生育要求者，排除避孕药的禁忌情况后，首选短效口服避孕药，优点是简便、有效、经济、安全。需要服用3-6个月以上为好，服药期间停止排卵，也无月经来潮，停药后就能恢复，不影响卵巢功能，如果超过40岁，血栓的风险增加，需要在医生的指导下，经过严格的筛选，谨慎应用。

巧克力囊肿术后需要吃孕激素、雄激素类衍生物如合成的17α乙炔睾丸酮（达那唑）、19—去甲睾酮衍生物（孕三烯酮）、促性腺激素释放激素激动剂(GnRHa)、米非司酮等药物。巧克力囊肿是“肿块”但并非是“肿瘤”，是子宫内膜异位症的一种病变。建议经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术、内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。巧克力囊肿术后容易复发，可以选用下列药物预防复发：孕激素、雄激素类衍生物如合成的17α乙炔睾丸酮（达那唑）；19—去甲睾酮衍生物（孕三烯酮）；促性腺激素释放激素激动剂(GnRHa)；米非司酮。建议GnRH或孕三烯酮治疗内异症，但副作用大，易复发。建议看中医吃煎药，成药效果不佳。还有一个方法，假如已经生育，建议放曼月乐环，有治疗内异症作用。